Tahun 2013 :

Dengan melihat kondisi dan potensi Kabupaten Kebumen, terutama untuk wilayah bagian timur yang masih tertinggal dibanding wilayah bagian barat dalam hal sarana kesehatan, maka Pemerintah Kabupaten Kebumen memutuskan untuk mendirikan RSUD Prembun di sebidang tanah dengan luas 38.105 m².

Tahun 2013 :

Dikucurkan dana ± Rp. 50.000.000,- guna pembuatan site plan RSUD Prembun.

Tahun 2014 :

Pembangunan gedung tahap I, yaitu struktur bangunan RSUD Prembun dengan dana ± Rp. 30.000.000.000,-  yang dilaksanakan oleh Dinas PU.

Tahun 2015 :

1) Penyempurnaan struktur konstruksi bangunan RSUD Prembun  dengan dana ± Rp. 38.000.000.000,- yang dilaksanakan oleh Dinas PU.

2)  Pembuatan desain interior bagian depan dan pembelian Alkes untuk  RSUD Prembun, dengan dana ABT sebesar ± Rp. 12.000.000.000,- yang dilaksanakan oleh Dinas Kesehatan.

Tahun 2016 :

1)  Pembangunan Gedung Tahap II, yaitu Pembangunan RSUD Prembun bagian belakang dan bangsal dengan dana sebesar ± Rp. 42.000.000.000 yang dilaksanakan oleh Dinas PU.

2)  Pembuatan desain interior bagian belakang RSUD Prembun dan pembelian Alkes dengan dana sebesar ± Rp. 10.000.000.000,- yang dilaksanakan oleh Dinas Kesehatan.

3)  Pembelian Alkes RSUD Prembun dengan dana ABT DAK sebesar ± Rp. 12.000.000.000,- guna pembelian Alkes yang dilaksanakan oleh Dinas Kesehatan.

Tahun 2018 :

1. Berdasarkan Perbup No. 59 Tahun 2016  tentang Pembentukan Kedudukan , Susunan organisasi , Tugas , dan Fungsi, Serta Tata Kerja Unit Pelaksana Tehnis Dinas Kesehatan Rumah Sakit Umum Daerah Kelas C Prembun, maka RSUD Prembun resmi untuk kegiatan operasional ;

2. Berdasarkan Keputusan Bupati Kebumen Nomor 449/225 Tahun 2018 tentang Unit Pelaksana Teknis Dinas Unit Rumah Sakit Umum Daerah Prembun sebagai Sub Organisasi Perangkat Daerah yang Menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah, RSUD Prembun merupakan Unit Pelaksana Tehnis Dinas Unit rumah Sakit Umum Daerah Prembun sebagai Sub Satuan Kerja Perangkat Daerah yang menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah dengan status penuh.

3. RSUD Prembun diberikan fleksibiltas berkaitan dengan: pengelolaan keuangan; pengelolaan barang; pengelolaan utang; pengelolaan piutang; pengelolaan investasi; pengadaan barang/jasa; dan perumusan standart, kebijakan, sistem, dan prosedur pengelolaan keuangan

Tahun 2020 :

Berdasarkan Perbup No. 58 Tahun 2020 tentang Pembentukan Kedudukan , Susunan organisasi , Tugas , dan Fungsi, Serta Tata Kerja Unit Pelaksana Tehnis Rumah Sakit Umum Daerah maka RSUD Prembun dan RSUD Dr. Soedirman Kebumen menjadi Unit Pelaksana Tehnis Dinas Kesehatan Kabupaten Kebumen.